El establecimiento de la Ciudad de San Francisco de Campeche como un puerto en el Golfo de México facilitó la conquista de la península de Yucatán y permitió embarcar los productos novohispanos, particularmente el palo de tinte hacia España. A partir de 1559 empezaron las invasiones de los piratas a la Villa de Campeche, particularmente encabezadas por Pie de palo, Diego El Mulato y Lorencillo.

Ante ésta situación los españoles decidieron construir una muralla en forma octágono de lados irregulares y en cada vértice un baluarte. Como entrada a la ciudad construyeron cuatro puertas, dos de las cuales se conocen como puerta de mar y puerta de tierra. En los extremos norte y sur de la ciudad y ubicados en las partes más altas y cerca del mar construyeron dos fuertes con sus respectivas baterías de cañones, conocidos como El Fuerte de San Miguel y El Fuerte de San José el Alto.

Hasta el año de 1863 el antiguo distrito de Campeche perteneció al estado de Yucatán, y debido a diversas crisis políticas y económicas se constituyó como un estado independiente.